1、高壓均質(zhì)機按結(jié)構(gòu)形式分為立式整體型均質(zhì)機和臥式組合型均質(zhì)機。前者一般適用于中小型設(shè)備（功率在45kw以下）；后者適用于大型設(shè)備（功率在45kw以上）。目前國內(nèi)大多數(shù)廠家生產(chǎn)的都是立式整體型均質(zhì)機。這種型式結(jié)構(gòu)緊湊，外形美觀占地面積小。但對大型設(shè)備而言，穩(wěn)定性就成了主要的問題。所謂臥式組合型均質(zhì)機指的是電機、減速箱、曲軸箱、潤滑站等相對獨立成塊，并分布在同一水平面上，通過皮帶（輪）、聯(lián)軸器、油管等連成一體。整機重心低、運轉(zhuǎn)平穩(wěn)、檢修方便。
2、高壓均質(zhì)機按柱塞每分鐘的往復次數(shù)分為普通型均質(zhì)機和低速型均質(zhì)機。均質(zhì)機曲軸的轉(zhuǎn)速(即同比決定柱塞的往復頻率)是決定整機性能的最關(guān)鍵的因素之一。在材質(zhì)、加工精度、結(jié)構(gòu)等相同的情況下，在一定范圍內(nèi)轉(zhuǎn)速越低，則各磨擦副(如軸與瓦、柱塞與密封等)在單位時間內(nèi)的磨損度、泵體內(nèi)各受力零件(如閥芯、閥座等)在同等時間內(nèi)的損壞程度均大幅度降低，且設(shè)備運轉(zhuǎn)的穩(wěn)定性也大大提高。所以該系列特別適合于長時間使用的場合。
3、高壓均質(zhì)機按控制方式可分為手動控制式、手調(diào)液力控制式以及自動液壓控制式。目前，手動控制式在市場上占主導地位。如果整條生產(chǎn)線都是自動控制的，可選用全自動控制均質(zhì)機。
4、高壓均質(zhì)機按均質(zhì)機在生產(chǎn)線上的位置可分為上游均質(zhì)機和下游均質(zhì)機。一般在滅菌前使用的均質(zhì)機稱上游均質(zhì)機，在滅菌后使用的均質(zhì)機稱下游均質(zhì)機。通常前者采用一般的均質(zhì)機即可，而后者要采用無菌均質(zhì)機。所謂無菌均質(zhì)機，就是將均質(zhì)機柱塞處的動密封泄漏點以及進出口的靜密封處的泄漏點通過蒸汽(或過熱水)與大氣隔絕，這樣的均質(zhì)機可作為無菌設(shè)備在殺菌后使用。